Im Bauernkrieg im Jahre 1525 war auch die Stadt Lobeda Treffpunkt von „Empörern und Aufrührern“ gegen feudale Fron und Ausbeutung.
Die Stadt Lobeda hatte in dieser Zeit etwa 500 Einwohner und zwei Friedhöfe.
Im Dreißigjährigen Krieg von 1618 - 1648 hatte auch Lobeda Schweres zu ertragen.
In den Jahren 1626– 1636 grassierte die Pest mit verheerenden Folgen für die Bevölkerung auch in der Stadt Lobeda.
Aufbau des Rathauses. Eines der ältesten Gebäudes Lobedas.
In den Kriegstagen des Jahre 1640 erlebte der Ort Lobeda französische Einquartierung. Durch den leichtfertigen Umgang französischer Soldaten mit Feuer, brach am 21. Dezember 1640 eine verheerende Feuersbrunst aus. Dieses Feuer ist als Stadtbrand von 1640 in die Geschichte eingegangen. Das Rathaus damit bedeutende historische Dokumente gingen verloren.
Das älteste noch erhaltene Stadtsiegel der Stadt Lobeda, ist eines aus dem Jahr 1643. Es zeigt die Darstellung der Maria mit Kind und dem gelben meißnischen (markgräflichen) Löwen auf schwarzem Schild. Dieses Stadtsiegel ist über der Eingangstür zur Gaststätte „Ratskeller“ in Lobeda noch zu sehen.
Im Jahr 1650 wurden in einer Stadtrechnung erstmals eine Mädchenschulmeisterin und damit eine Mädchenschule genannt.